空间站组合体由多个舱段和飞船组成，神舟十八号载人飞船在与空间站组合体进行径向交会对接时，须充分考虑到空间站的质量、惯量以及重心位置等影响姿态控制的核心要素。特别是近距离逼近时，飞船交会对接采用的是相对姿态、相对位置六自由度控制方法，空间站运动特性的变化将直接影响飞船的交会对接控制过程，因此径向对接需要GNC系统依靠自身的能力克服上述变化带来的影响。

神舟十八号载人飞船在进行径向交会对接任务时，将沿着天和核心舱下方的径向对接口逐渐靠近空间站组合体，天和核心舱、问天实验舱、梦天实验舱、天舟七号货运飞船以及神舟十七号载人飞船均会出现在神舟十八号载人飞船的视野中。这对于其上安装的、需要以宇宙背景或太阳作为观测目标的测量敏感器来说，将产生视线上的遮挡，且随着神舟十八号飞船和组合体逐渐逼近，遮挡会越来越多，需要依靠GNC系统配备的敏感器自身的抗干扰或目标特性识别能力加以区分和屏蔽，或采用不同测量特性、测量体制的备份测量敏感器来保证持续、准确的测量能力。

空间站组合体尺寸的增大还使得飞船和空间站组合体的发动机工作时，羽流间的相互影响相比以往发射和对接任务时变得更加复杂。飞船在近距离交会过程中需要频繁启动发动机进行相对姿态和位置的调整，这将对悬浮在太空中的空间站姿态产生影响，由于组合体舱段的增加，使得神舟十八号载人飞船任务中的上述特性更为复杂。同样，空间站的喷气控制也会影响飞船自身的控制。对于这一问题，需要GNC系统在发动机分组使用和控制方法上优化，并通过地面仿真计算加以验证，确保交会对接过程在诸多影响下仍能圆满完成。